DokuWikiの名前空間はURLエンコードで管理されている。　
こちらを参考にコマンドラインで読み書きする。

$ ls -ltr | perl -pe 's/%([0-9a-f]{2})/sprintf("%s", pack("H2",$1))/eig'

$ cat filelist.txt | perl -MURI::Escape -ne 'chomp;print uri_escape($_),"\n"'